Студије је затим наставио у САД на Универзитету Кејс Вестерн у Кливленду где је докторирао 2001. са тезом: Neutrino Mass and its Implications for the Zero Mode and Vacuum Structures of the Standard Model and its Extensions. Докторат је одбранио под менторством Проф. др Глен Старкмана.
Након доктората био је на последокторским студијама на Универзитету у Алберти у Канади од 2001. до 2003. године, те на Универзитету Мичиген, у Ан Арбору, САД од 2003. до 2005. године. 2006. године се вратио на Универзитет Кејс Вестерни где је добио доцентуру. Од 2009. има tenure track позицију на Државном Универзитету Њујорка, Бафало, САД.
Рецензент је најугледних стручних часописа као што су Physical Review Letters, Physical Review D, JHEP, Physics Letters, Classical and Quantum Gravity, Physics Letters B, Generl Relativity and Gravitation, Modern Physics Letters. Ангажован је као стручњак при оцени квалитета истраживачких пројеката у САД (National Science Foundation).
Дејан Стојковић је до 2011. објавио 48 радова у водећим међународним часописима, од којих је 7 публиковано у Physical Review Letters, једном од најутицајних часописа у физици. Његови радови су до сада цитирани 1408 пута, a база података SPIRES наводи 5 његових радова као најцитираније у области. Дејан Стојковић je додипломске и магистарске студије физике завршио у земљи. Након магистратуре колега Стојковић је отишао на даље усавршавање у САД и Канаду, но његова сарадња са матицом је настављена кроз истраживачке радове, гостовања и семинаре, учешћа на домаћим конференцијама, као и кроз заједничко аплицирање за међународне пројекте. Важно је истаћи и труд који је колега Стојковић уложио на плану промоције и популаризације науке, како у нашој земљи тако и у иностранству.
Награда „Марко В. Јарић“ за 2011. годину додељена је проф. Дејану Стојковићу, за његов значајан допринос у анализи динамике црних рупа у вишедимензионалним космолошким моделима, као и за разраду експерименталног метода BlackMax којим би се на великом хадронском сударачу у ЦЕРН-у по први пут могли детектовати ефекти квантне гравитације (мини црне рупе).
Линкови: